Durch Herzog Albrecht V. von Österreich und dessen Kanzler Andreas Plank 1414 gegründet, entwickelte sich St. Dorothea bald zu einem führenden Vertreter der sogenannten Raudnitzer Klosterreform. Chorherren wurden in die neu gegründeten Klöster von Rottenmann, Wiener Neustadt und Schrattenthal sowie nach Glatz in Schlesien entsandt. Enge Kontakte mit Augustiner-Chorherren-Klöstern in Österreich, Deutschland, Schlesien und Südtirol sind ebenfalls belegt. Die turbulente Geschichte des 15. Jahrhunderts spiegelt sich in der Klostergeschichte wider: Teilnahme des Propstes am Konzil von Basel, bei dem der Gegenpapst Felix V. gewählt wurde. Tätigkeit im Auftrag der niederösterreichischen Landstände, des Landesfürsten, der Kaiser Friedrichs III. und Maximilians I. sowie von Päpsten. Adelige wie Graf Niklas von Salm, der Verteidiger Wiens 1529, wählten die Klosterkirche als Grabstätte. Reiche Stiftungen von Bürgern und Adel bezeugten das Ansehen des Klosters. Der Kampf um die Vormundschaft über Ladislaus Postumus einschließlich des Krieges gegen den ungarischen Reichsverweser Johann Hunyadi, die Zwistigkeiten zwischen Friedrich III. und seinem Bruder Erzherzog Albrecht VI. um die Herrschaft in Österreich nach Ladislaus' Tod 1457, die Verheerungen durch König Matthias Corvinus von Ungarn, die wachsende Türkengefahr, damit verbunden die Verwüstung von Klosterbesitz und ständig steigende Abgaben führten schließlich zu Verschuldung, Verarmung und dem Verfall der Klosterzucht. Der neunte Propst wurde 1533 oder 1534 von Maximilian I. wegen Misswirtschaft abgesetzt und nach Stift Herzogenburg verbannt. Kaiser Josef II. hob St. Dorothea, damals das reichste Kloster Wiens nach dem Schottenstift, 1786 auf. Heute befindet sich an der Stelle von Kloster und Kirche das Auktionshaus Dorotheum.
