In der vorliegenden Arbeit wird mit Hilfe bildanalytischer und molekularbiologischer Methoden die homologe (Glucoamylase – GA) und heterologe (Green Fluorescent Protein – GFP) Proteinproduktion des filamentösen Pilzes Aspergillus niger in submersen Pelletkultivierungen charakterisiert. Die morphologische Diversität der Aggregate, die hier durch Variation des Leistungseintrags durch Rühren hervorgerufen wird, nimmt großen Einfluss auf die Produktivität. Dies wird anhand von Schnittpräparaten der Pellets demonstriert, die neben einer qualitativen Strukturaufklärung auch die Lokalisierung der Proteinproduktion am Beispiel des GFPs ermöglichen. Die gleichzeitige Betrachtung produktspezifischer Genexpression und korrespondierender Proteinsynthese erlaubt Rückschlüsse dahingehend, ob eine transkriptionelle oder posttranskriptionelle Limitierung auf dem Weg vom Gen zum Protein besteht. Darüberhinaus gestatten weitere, mit der Produktbildung assoziierte Genexpressionsanalysen das Auffinden sogenannter Markergene, deren Expressionsmuster prozesskritische Situationen anzeigen.